تتمحور مهام المركز في القيام بالبحث المعمق والدراسات العلمية في حوار الحضارات والأديان المقارنة. و لهذا الغرض فهو مكلف بـ:
- الإسهام في إثراء الموروث الفكري من خلال دعم البحث العلمي والقيام بالدراسّات التقييمية والاستشرافية في مجال الحضارات والأديان المقارنة،
- تنظيم التظاهرات والندوات والملتقيات العلمية بالتعاون مع المؤسسات والهيئات الوطنية والعلمية المختصة وذلك في إطار شبكة تجمع المؤسسات والهياكل ذات العلاقة بنشاط المركز،
- تنظيم الدورات التكوينية والأيام الدراسية في مجال حوار الأديان والحضارات في نطاق شراكة بين المركز والمؤسسات الأخرى ذات العلاقة،
- تجميع الإنتاج الفكري والوثائق المكتوبة والمرئية والمسموعة المتعلقة بمجالي الأديان والحضارات قصد معالجتها واستغلالها وتيسير نشرها بكل الوسائل،
- إحداث مرصد بنوك وقواعد معلومات في مجالات الحضارة والأديان المقارنة،
- إقامة المعارض ذات الصلة بأهداف المركز،
- نشر البحوث والدراسات المنجزة من قبل المركز في شكل كتب ونشريات وإصدارات مرئية أو مسموعة أو إلكترونية،
- القيام بكل الأعمال الأخرى التي يتم تكليفه بها في نطاق مهامه.
- المساهمة في تكوين الطلبة في مرحلة الماجستير والدكتوراه،
- تشجيع الشراكة في ميدان البحث العلمي مع المؤسسات الوطنية والدولية ذات الاهتمام المشترك.